С 5 по 25 марта 2007 г. в Воронежском госуниверситете работала представительная комиссия Счетной палаты РФ.
В рамках утвержденного плана работы Счетной Палаты РФ на 2007 г. проведена комплексная проверка целевого и эффективного использования бюджетных и внебюджетных средств университета. Выбор ВГУ в качестве объекта аудиторской проверки осуществлен в связи с его статусом как ведущего крупнейшего вуза в регионе.
В результате работы московских аудиторов серьезных нарушений действующего законодательства не выявлено, подтверждено целевое использование имущества и денежных средств вуза, сделан вывод об эффективной системе университетского финансового менеджмента, высоких стандартах качества образования и результативности научно-исследовательской деятельности.